Одно из основных опасений специалистов и экологической общественности вызывает риск разрушения естественных экосистем. С возможным расширением площади трансгенных посевов по всему миру он становится неотвратимым. ГМО чужды окружающей среде, никогда не были ее частью. Мир сегодня сталкивается с принципиально новым видом загрязнения – генетическим. В отличие от химического и радиоактивного, оно наименее изучено, его невозможно остановить и при необходимости ликвидировать.
Кроме собственно генетического загрязнения, использование ГМО подразумевает и увеличение химического воздействия на окружающую среду. Уже доказано, что создание устойчивых к гербицидам сортов ГМ-растений увеличивает расходы химикатов и обостряет проблему химического загрязнения окружающей среды. Более 70% всех высеваемых ГМ-культур – это растения, устойчивые к гербициду «Раундап». С 1998 по 2000 г. посевная площадь под трансгенные растения увеличилась в мире с 27,8 до 44,2 млн. га. За эти два года объемы продаж «Раундапа» увеличились более чем в 5 раз. В 2001–2003 гг. наблюдалась аналогичная закономерность (Монастырский О. Продовольственная безопасность России: вчера, сегодня, завтра // ЭкосHИнформ. – 2004 №4).
В ноябре 2003 г. Северо-западный научный центр экологической политики США опубликовал результаты исследований влияния ГМ-сортов на использование пестицидов в США за последние 8 лет, основываясь на данных Министерства сельского хозяйства США. Результаты исследования опровергают распространенный аргумент о том, что внедрение ГМ-сортов существенно снижает применение пестицидов. Использование трансгенных Bt-культур со встроенным геном, производящим смертельный для вредителей токсин, действительно снизило за последние 8 лет применение пестицидов на этих растениях на 19,6 млн. фунтов (сейчас оно составляет 8,82 тыс. тонн). Однако за этот же срок на 70 млн. фунтов (31,5 тыс. тонн) возросло употребление других химикатов за счет активного выращивания устойчивых к гербицидам сортов. Таким образом, ГМ-культуры вызвали увеличение на 50 млн. фунтов (22,7 тыс. тонн) пестицидов, использующихся в сельском хозяйстве США.
В Аргентине, стране, которая также активно выращивает гербицидоустойчивые культуры, по сравнению с 1992 г. использование глифосата («Раундапа») возросло в 60 раз! (С 1 млн. до 60 млн. литров за сезон.) (Pengue W. (2000) When the laboratory is the protagonist. Present and Future of Agriculture in Argentina. Article 2, July 14, 2000).
Среди других последствий использования ГМО наиболее вероятны следующие: